在现有的法律框架和监督管理体系下，要进行产业基金的实际运作就只能采用一些间接的形式。实务中，许多产业基金，或类产业基金的投资公司都是采取多种间接模式做相关操作的，下面以案例加以说明。
目前在中国运行的各类投资公司可分为三类：第一类是非金融性国有投资公司，主要由财政和费用转收资金发起募集设立的。这种投资公司是地方政府和行业主管部门一种投资和资产管理手段的补充。第二类是一般性投资公司，是由民间发起，以特定某种投资领域为投资方向的投资公司。第三类就是新兴的，类投资基金型的投资公司，主要是以热门的科学技术创新和资本成长为目标的创业投资公司。
第一类投资公司是计划经济的产物，在金融改革的趋势中必将淡出投资市场。第二类是资金富余机构和个人发起的纯粹的投资公司，为解决资金流动性和收益性而设立，目的非常明确，不需要转化为大众化的投融资工具。投资公司的组织形式，对我国产业投资，特别是创业投资的发展起过一定的推动作用，但它的诸多弊端也已显露，如：难以形成有效的资本放大，经营成本居高不下；不利于股东的退出，股东没放弃投资的渠道；股权结构设计不科学，没有把经理层的利益和股东的利益结合起来，道德风险难以规避；不利于形成职业的投资团队；管理层不稳定，与产业投资周期长的特点相矛盾，从而造成投资风险比较大，等等。其中最主要的还是公司制投资机构只能以注册资本金来投资，钱投完后，后续资金的问题难以解决。
而第三类投资公司则具有明确的朝产业基金发展的目标，运作方式已经相当程度上基金化了。基金化的创业投资公司，理论上能够解决以上投资公司的诸多问题。中科招商就是一个典型的例子。中科招商率先在国内采用基金管理模式，从事创业投资和产业投资，实现了一家管理公司管理多家投资公司（基金）的运作模式，从而形成有效的资本放大。
中科招商首先由中科院、招商局蛇口工业区、21世纪科技投资有限公司等机构发起设立基金管理公司－中科招商创业投资管理有限公司，然后由管理公司联合别的企业集团和机构发起设立产业基金。这些产业基金以投资公司的形式存在。目前，中科招商已经成功发起并管理了三支产业基金：综合产业基金、教育产业基金和交通产业基金，这三支基金分别对应于三个投资公司，即：中科招商创业投资有限公司、中科天地软件人才教育有限公司和中科招商交通产业创业投资管理有限公司。基金的资产金额来源包括境内和境外机构。而管理公司不仅是这些基金公司投资者之一，也是基金公司的管理人。
总结起来，中科招商模式的特点是，先成立基金管理公司，管理公司再发起并管理各个投资公司，投资公司是众多基金中的一支。
联想投资是联想控股旗下独立于联想集团、神州数码之外独立运作的风险投资公司（基金），成立于2001年4月，管理着由联想控股100%出资的首期基金3500万美元。在首期基金的运作中，联想投资既是基金公司又是基金的管理公司。实际上，在首期基金的运作中，联想投资并不具备基金运作完全特征，因为它未达到资金放大的效应。但募集的第二期基金则逐渐达到了资金放大的效果。2003年10月底，联想投资完成第一次二期基金的募集，约为6000-7000万美元，大多数来源于联想控股和美、日外资基金，其中联想控股占50%以上。还有几家海外的基金也表示感兴趣，因此二期基金募集规模可能达到1亿美元。另外，二期资金注入后，联想投资将会单独成立基金管理公司，管理所募基金。而首期募集的基金将融入到基金管理公司中去。因此，一期基金更类似于对基金管理公司的股权投资，二期所募基金才真正具有基金的含义。
中投顾问发布的《2016-2020年中国产业互助基金行业深度分析及发展规划咨询建议报告》指出，与中科招商模式相同的是，联想投资基金是以投资公司的形式存在的。而与中科招商模式不同的是，联想投资是先有投资公司（基金），再有管理公司的。从理论上来说，这种模式并没有效率。因为投资公司控制管理公司，投资公司管理管理公司，管理公司只相当于投资公司的一个下属部门。归根结底，一切权益仍在投资公司，这样的管理公司就没有存在的意义了。但众多由投资公司转化为基金的机构，都必须经历这一过程。象中科招商那样，一开始就成立管理公司的机构毕竟是少数，因为具备丰富项目投资经验的投资公司是吸引基金的有利条件，而具备投资经验的大部分是已经运作成熟的投资公司。因此，类似联想投资模式的产业基金要想更具效率，就必须在投资企业成立基金管理公司后，尽快将管理公司从投资公司（基金）中彻底分离出来。管理公司注重项目选择和投资管理的职能，基金公司则注重资金管理、资本运作和投资监督的职能。
精瑞基金属于公司型投资基金，注册地在香港，基金规模为1亿美元，全部在海外募集，基金性质为离岸基金。精瑞基金采用封闭的私募形式募集资金，在2004年7月完成招募。精瑞基金的雏形是在2002年11月召开的“住宅产业商会的年会”上提出的，目的是利用新的金融手段整合产业链上的资源。随后，中华全国工商联住宅产业商会、住宅产业商会香港分会、万盟投资管理公司三家组成了“中国住宅产业精瑞基金筹备小组”。他们最初计划在《产业基金法》出台后正式发行募集，但从有关部门获知《产业基金法》出台日期尚未确定，要使募集资金“合法化”，只有在境外注册基金。于是，筹备组在香港注册中国住宅产业精瑞基金管理公司，同时在内地成立了北京精瑞联合住宅产业投资公司。精瑞基金管理公司在内地投资的住宅产业项目，以契约形式全权委托北京精瑞联合住宅产业投资公司管理。事实上，基金管理公司和精瑞投资公司是“两块牌子，一套人马”。双方一同组建惟一的投资决策委员会和风险管理委员会，审核监控精瑞投资公司的任何基金运营管理行为。
从以上模式中能够准确的看出，北京精瑞联合住宅产业投资公司实际上就是一个为了规避国内法律制约而成立的虚拟产业基金管理公司，它兼具基金管理和融资主体两大功能。从基金管理公司的角度来看，它是香港中国住宅产业基金管理公司在中国的代表，受托管理境外募集的基金。从融资主体来看，它是中国国内注册的法人实体，能够直接进行各种符合国内《公司法》的各种股权和债券融资。而在香港的机构则是基金的主体。
“中比基金”是一家中外合作创业互助基金。其设立的背景是比利时一家机构在转让上海贝尔公司股票后，希望在中国境内寻找再投资机会；而海通证券股份有限公司也一直在寻找合作伙伴，开拓创业互助基金业务。双方经商议后，便有了合作设立“中比基金”的设想，并且这种设想也是对中国和比利时两国政府合作项目的支持。中比基金的设立过程体现了中国产业基金立法的争论。合作双方最初希望可以得到原外贸部的支持，但外贸部强调必须以“创业投资企业”的形式设立，这使得合作双方拟以财政出资的愿望难以实现，因为一旦财政部直接出资，将会把政府部门推到经济合作的前台，不仅让政府部门面临巨大的风险，而且不符合创业投资企业这种新型投资主体应当实行政企分开的原则。因此，中比基金转而投向原国家计委，原国家计委从始至终坚持产业基金立法的思路，在它的支持下，中比基金很快获得了筹建批文。最后，中比基金的设立模式是：注册1亿欧元，其中中国政府（财政部出资）、比利时政府、海通证券、富通基金以3：3：2：2的比例出资。而管理则由海通证券和富通基金一同承担。基金机构及其管理机构的具体形式还没有确立。但基金及其管理的框架已经很明了。
中比基金的主要特征就是政府在基金中的地位。按照有关法律法规，证券公司是不能投资于实业的，虽然在具体项目运作时，券商能发挥其业务和研发优势，参与并购或者财务顾问工作，但要发起设立产业基金公司，在政策上会有较大的障碍。因此，中比基金属于个案。这充足表现了政府参与的力量。中比基金其实就是“官办民营”的性质。
中瑞创业投资基金管理有限公司由国家开发银行和瑞士联邦对外经济事务秘书处共同出资，于2003年3月19日在北京开业，注册资本为人民币1000万元，瑞士联邦对外经济事务秘书处持有33%的股份，国家开发银行持有67%的股份。其主体业务就是管理中瑞合作基金。中瑞合作基金首期注册资本3125万瑞士法郎，中国国家开发银行出资20%，瑞士联邦对外经济事务办公司出资80%。
中投顾问发布的《2016-2020年中国产业投资基金行业深度分析及发展规划咨询建议报告》指出，中瑞基金的特点是，无论在资金募集还是管理上它都是合资形式。由于其合资性质，要考虑资本收益跨国流动的管制问题，中瑞基金被定性为永久性周转基金，也就是说，中瑞合作基金所取得的收益将投资到该基金中。另外，由于合作双方都是政策性的机构，中瑞基金还有“官办官营”的性质。
沪光基金是最早成立的投资于中国产业的基金之一。早在1993年，上海国际信托投资公司就与香港光际有限公司、日本ATS株式会社共同发起成立香港沪光国际投资管理公司。沪光国际投资管理公司发起设立上海发展基金（Shanghai Growth），在开曼注册，香港上市，投资者包括上海国际信托投资公司。香港沪光国际投资管理公司管理沪光基金，并在上海投资项目。2000年，上海国际集团有限公司成立，它透过上海国际信托投资公司持股香港沪光国际投资管理公司，成为沪光国际投资管理公司的股东。从沪光基金的模式能够准确的看出，它的情况相对来说比较特殊，是境外募集基金，境外管理的模式。在境内的机构只有代表处的形式。